運用状況によると、令和7年9月30日現在における申請件数（総数）は4374件。地目別にみると、田・畑が最も多く1688件、宅地1520件、山林687件、その他479件だった。

　このうち、帰属が認められた件数（総数）は2039件。種目別にみると、宅地が743件と最も多く、農用地658件、森林128件、その他510件。

　一方、却下件数は71件で、却下の理由としては、「現に通路の用に供されている土地（施行令第2条第1項）に該当」が18件、「境界が明らかでない土地（法第2条第3項第5号）に該当」が16件だった。「法第3条第1項及び施行規則第3条各号に定める添付書類の提出がなかった（法第4条第1項第2号）」は34件。

　取下げ件数は774件。原因の例は以下のとおり。

　　・自治体や国の機関による土地の有効活用が決定した

　　・隣接地所有者から土地の引き受けの申出があった

　　・農業委員会の調整等により農地として活用される見込みとなった

　　・審査の途中で却下、不承認相当であることが判明した

法務省が公表した相続土地国庫帰属制度の運用状況はこちら。